المقدمة: وفيها بيان أهمية البحث، وأسباب اختياره، والدراسات السابقة، وخطة البحث، ومنهج الباحث فيه.

التمهيد: وفيه مبحثان:

المبحث الأول: أهمية دراسة علم المشكل القرآني.

المبحث الثاني: أعلام الإسلام الذين صنفوا في هذا الفن، وذكر مؤلفاتهم فيه.

الفصل الأول: مشكل القرآن الكريم. وفيه أربعة مباحث:

المبحث الأول: تعريف مشكل القرآن من حيث اللغة والاصطلاح.

المبحث الثاني: وجود المشكل في القرآن الكريم.

المبحث الثالث: حكمة وجود المشكل في القرآن الكريم.

المبحث الرابع: حكم البحث عن المشكل في القرآن الكريم.

الفصل الثاني: أسباب وقوع الإشكال في القرآن الكريم. وفيه أربعة عشر مبحثاً:

الأول: اعتقاد أمرٍ مخالف للكتاب والسنة.

الثاني: اختلاف الموضوع في الآيات.

الثالث: اختلاف الموضع والمكان للآيات.

الرابع: وقوع المخبر به على أحوال وأطوار مختلفة.

الخامس: اختلاف جهة الفعل.

السادس: تعدد القراءات في الآية.

السابع: توهم تعارض الآية أو الايات مع الأحاديث النبوية.

الثامن: توهم استحالة المعنى.

التاسع: خفاء المعنى.

العاشر: غرابة اللفظ.

الحادي عشر: مخالفة المشهور من قواعد النحو والعربية.

الثاني عشر: الإيجاز والاختصار.

الثالث عشر: احتمال الإحكام والنسخ للآية.

الرابع عشر: تردد الآية بين أن يكون لها مفهوم مخالفة أو لا.

الفصل الثالث: أنواع مشكل القرآن الكريم. وفيه أربعة مباحث:

المبحث الأول: ما يظن فيه تعارض واختلاف.

المبحث الثاني: المشكل للتشابه، فيه مطلبان:

المطلب الأول: المتشابه اللفظي.

المطلب الثاني: المتشابه المعنوي.

المبحث الثالث: المشكل اللغوي. وفيه ستة مطالب:

الأول: ما يتعلق بالإعراب.

الثاني: ما يتعلق بغريب اللغة.

الثالث: ما يتعلق بالمجاز.

الرابع: ما يتعلق بالكناية.

الخامس: ما يتعلق بالتقديم والتأخير.

السادس: خفاء وجه الحكمة من استخدام بعض الأساليب اللغوية، وفيه أربعة فروع:

الفرع الأول: الالتفات.

الفرع الثاني: الإضمار في موضع الإظهار وعكسه.

الفرع الثالث: التكرار.

الفرع الرابع: الحصر.

المبحث الرابع: المشكل من حيث القراءات ورسم المصحف.

الفصل الرابع: طرق دفع الإشكال عن آيات القرآن الكريم. وفيه أحد عشر مبحثاً:

الأول: تحرير وجه الإشكال.

الثاني: معرفة سبب النزول.

الثالث: رد المتشابه المشكل إلى المحكم، وإلى العالم به، مع الإيمان والتصديق.

الرابع: اعتبار طريقة القرآن وعادته في دفع الإشكال.

الخامس: جمع الآيات ذات الموضوع الواحد.

السادس: النظر في السياق.

السابع: تلمس الأحاديث والآثار الصحيحة الدافعة للإشكال.

الثامن: الإعراب وأثره في بيان المشكل.

التاسع: الجمع بين الآيات بإعمال قواعد الترجيح عند المفسرين.

العاشر: النسخ.

الحادي عشر: التوقف.

الخاتمة: وفيها أهم نتائج البحث.

الفهارس: العامة للبحث.